环境污染研究中, 经常会看见多环芳香烃, 卤代芳香烃, 持续性有机污染物, 环境内分泌干扰物, 多氯联苯, 二噁英等名词, 容易混淆. 这是因为它们之间有着千丝万缕的联系, 而且这些名词并不是一种分类系统下的命名. 芳香烃一般是非极性, 水溶性低, 低毒性. 但它们的衍生物, 如多环芳香烃和卤代芳香烃, 化学性质较为活泼.

纳米材料(Nanomaterial)是一种尺度的概念，三维空间中至少有一维处于纳米尺寸(0.1-100 nm)。有些材料在纳米尺度下表现出特殊的化学和物理效应(如小尺度效应和表面效应)，进而表现出特殊的生物学效应(如穿透生物膜)。而且，当其表面经过修饰，会增加生物学活性。纳米材料是一大类物质，所以特意总结一下毒理学/环境健康研究中常见的纳米材料。

总结一下研究蛋白质-DNA互作和蛋白作用的实验方法。ChIP部分是前段时间培训时所记录。

Gnuplot本是linux下的命令行作图工具，以command-driven interactive方式。不同于python、R等需要读取数据到内存，然后作图；更不同Origin、Sigmaplot等窗口程序。Gnuplot也有windows版本。它的方便之处在于迅速把文本文件中的数据可视化，而且可以把它看作awk、sed这样的linux命令，无缝融入脚本。极其方便数据探索。

基因/蛋白质命名和综述:

HGNC: HUGO Gene Nomenclature Committee
   Gene family
GENECARD: Human Gene Database
   GIFtS: GeneCards inferred functionality score
   Alias, Genomics, Proteins, Variants, Transcripts,
   Orthologs, Paralogs, Domains & Families, Function,
   Localization, Pathways & Interactions,
   Drugs & Compounds, Disorders

看完胡塞尼（Hosseini）的《追风筝的人》有段时间了。作者在阿富汗童年经历的故事，如同淡淡的中国山水田园画，没有浓妆的情节，但给人以淡抹的留恋。把读者带入了作者本人快乐的童年和宁静平和的乡土生活。当童年不再，家园亦沧桑变化，人们都为了更好的物质生活而奋不顾身。与此同时有些东西却愈行愈远。这些美好的东西，如我们一直住追的、天上的风筝，有一段的距离。

纽约市北边Sterling forest中的Sterling lake，仿佛一个隐秘的世界。此处被浓郁的树林包裹着，人烟稀少，只有湖水静静拍打岸边和林深处鸟鸣的声音。这些声音不仅没有显得吵闹，反而更增加了静谧的氛围。
 
湖边有一张椅子，面朝湖心。即便椅子是空的，也如同是活的一样：总觉得那儿有个看不见的人，舒服地坐在里面，在静静地思考着。

环境对健康的影响，可以追溯到环境对生物进化、基因进化等影响。现在我们讨论基因-环境的交互作用，而在进化里人们讨论到底是地球环境控制了生命的发展，还是生命通过改造环境来为自己营造更好的生存条件。地质变化的历史中，一些特殊的事件对生命的产生和进化至关重要，也必定改变了基因。虽然年代久远，但可以去推测一些剧烈的环境变化对基因进化的影响。

生命科学中的尺度：

打分矩阵(Scoring Matrix)用于计算序列相似性(Similarity)，其数学本质是统计权重，可以处理序列不确定性的问题。