这幅图是大名鼎鼎的Hallmarks of Cancer。但是它所述的是肿瘤完全形成后的特征。然而在肿瘤形成时，即carcinogenesis过程中，细胞并未成为恶性细胞，不具有全部的图中这些特征，却有另外的表型，尽管他们与肿瘤的因果关系不是非常地确定，也不是特异的。如果在未来发现更多的carcinogenesis过程的特异性表型，会填补化学物致癌评价的空白。

过去两个月仔细看完了两本GWAS的英文书，顺便恶补了遗传研究的知识，特别是GWAS数据处理方面和基因组注释。然后把积攒下的各种疑问跟张老师聊了聊，收获颇丰。张老师不是医学出身，但博后专门做生物信息和遗传学研究，知道这里面的各种tips和常识。这些零碎的东西和技巧性的东西不是依靠自学就能知道的，需要多年的实际经验。这也是我近几年慢慢体会到的观点，博士和博后培训始终需要指导的；仅靠自学，好多坎过不了。也知道了我所学的医学遗传学是群体遗传学，只是遗传学的一个分支，这对我自己关心的基因-环境交互作用主题打开另一扇学习的大门。正好一周前，张老师有批Affy SNP6.0芯片的数据，让我给处理一下。处理过程中，有问题直接问他。处理结果也跟他核对一下。算完后，整个过程和结果没有什么问题。

这是艺术史上一个很动人的故事。一尊公元2世纪的古罗马美男子雕塑，如同断臂的维纳斯，不知丢失了俊美的脸部。虽然被后人修复，却让人禁不住绞尽脑汁地去揣测，它丢失的一半到底命运如何？失在何方？离自何时？毁于战乱？无人知晓。就这样流传了千年。越是珍品，它的命运越让人痴迷。奇迹出现在2016年，一个不起眼的浮雕雕塑竟然是它失去的脸部！让无数人着迷的它终于破镜重圆。重圆的过程不仅让艺术爱好者啧啧称叹，更是充满了科研般探索的魅力。

因回纽约取大件行李，也希望体验铁路旅行方式，所以选择了经济实惠的Amtrak列车，往返芝加哥和纽约。Amtrak是跨美国大陆的铁路客运商，为普通美国人提供了经济而且消磨时间的旅行方式。若干人放弃快捷的飞机，宁愿选择耗时的铁路，选择一种紧张城市生活之外的传统之旅。

Cygwin是在windows系统下安装和使用Linux工具的绝佳方式。当然windows系统现在也可以安装原生态的Ubuntu，不过它与windows是隔离的。Cygwin的最大优势是可以同时用linux和windows的命令行工具，只要设置好环境变量即可。所以通过Cygwin可以享受命令行方式带来的尽情操纵数据的自由感。

虽然可以用python、R写脚本，但喜欢上bash不拘小节的风格。可以将各种命令行的程序看作bash内置的命令，黏合在一起，真正做到pipeline。而且bash本身的一些命令工具，如wc、grep、awk、sed等，小巧、方便，是python等无法达到的。总之，bash很适合大数据处理。

一间卧室，是梵高在流浪和多舛一生中一直追求的归宿，尽管这一生才是37年。前后共有三幅几乎一样的卧室，分别藏于在巴黎，芝加哥和阿姆斯特丹。芝加哥艺术博物馆的Bedroom是这系列中的第二幅。梵高搬到法国Arles（1888-1889年）后，对未来满怀希望的时候创作了这三幅，并在这期间在艺术上达到了顶峰。刚刚找到自己的归宿后不久，梵高便深陷于精神疾病，在一年后自杀。终其一生，还是没有找到自己的归宿。这间卧室，成为了他永久的精神家园。

当讨论以受体-配体模式结合的环境污染物时，AhR是一个典型的例子。Aryl hydrocarbon receptor (AhR)由AHR基因编码，位于7p21.1。它是一种配体激活的转录因子，其激活后可以调节下游多种基因的表达。AhR在TCDD的介导毒效应和促进肿瘤发生中起了重要作用，所以它是毒理学和环境健康研究的一个热点。

我们常用BLAST（blastn和blastp）从数据库中寻找某一序列(query)的相似序列(target)，这种方法是pairwise comparison method。本质上讲也是通过计算距离，来衡量两条序列的相似性大小。

1.蛋白质聚类(Classification):