研究蛋白和配体的结合方式，可以通过分子对接(Molecular Docking)实现。然后可以对结合的构象进行聚类，选择特征构象，可以进行下一步的动力学模拟。

我学习和使用分子动力学模拟知识，是为了探索环境污染物的毒理学效应机制。偶尔看一下下面罗列的文件格式，可以如同过电影一样回顾做分子动力学模拟时用到知识点和技巧。包括从处理小分子的Gaussian到模拟的Amber和Gromacs。通过这些工具，可以模拟并观察“环境有机污染物”和“蛋白质”以受体-配体模式相互作用的微观机制。

研究小分子和生物学大分子的结合或相互作用，不外乎两种方式：以共价方式结合，以配体-受体方式结合。前者涉及到了化学键的断裂和生成，需要考虑化学知识。量子化学可帮助理解这种结合方式，所以这段时间参加了几次workshop。逐渐建立自己的量子化学知识体系。至于配体-受体结合方式，涉及到氢键、范德华力、库仑力等弱相互作用，多用分子力学知识处理。

Gromacs常用命令参考

准备protein和ligand

模型建立时注意input_shape,即张量的shape，都为tuple类型(不可以是n，即int类型)。一维张量的shape为(n, ),此时可以用input_dim=n代替而输入为2D/3D张量(samples|batch, input_shape); batch为1个或多个sample

对生物学的微观过程，可以进行计算机模拟，观察实验方法无法获得的微观机制信息。

将在以后的时间里重点关注下面的这些方向，出于环境-基因交互作用这个主题，以及个人的兴趣。

[本文中的图来自网络]
最近看了Nessa Carey写的两本书，《遗传的革命/The Epigenetics Revolution》和《垃圾DNA/Junk DNA》，中文版的，由第三军医大学遗传学教研室的几位老师翻译的。两本书虽然名义上是科普书，但与其它的科普读物不同。作者本人是该领域的专家，所以这两本书还是相当专业的，弥补了专业文献的不足，至少在我看来如此。从亚马逊的读者评论中看出，绝大部分读者只看到书中提及表观遗传学/epigenetics和垃圾DNA/junk DNA两种现象，并没有体会到作者在这两本书里阐明的该领域内涵。阅读文献，可以很详细地知道它们背后的分子生物学机制，但你无法从中了解该领域的发展历程，和专家们在思考问题时所展现出来的思维方式。而这些真正智慧性的东西无法通过专业文献获得。

一直喜欢中西对比着去读西方人文类的书籍，总会产生各种感慨。

我们与西方人的世界观大不同。历史上如此，现在亦如此。第一幅图是美国和欧洲的世界地图。它们以大西洋为中心，美国和欧洲强国居于两边。第二幅图是中国和日本的世界地图，以太平洋为中心，仍能看到美国的影子。第三幅图，是国产的北极地图。上网搜索，前两者清晰版比比皆是，第三幅无论如何找不到清晰版的。很高兴遇见这个搜索结果!综合当前社会的各种变化，很欣喜我们终于有了一个有战略眼光的政府，几百年来的首次。