我学习和使用分子动力学模拟知识，是为了探索环境污染物的毒理学效应机制。偶尔看一下下面罗列的文件格式，可以如同过电影一样回顾做分子动力学模拟时用到知识点和技巧。包括从处理小分子的Gaussian到模拟的Amber和Gromacs。通过这些工具，可以模拟并观察“环境有机污染物”和“蛋白质”以受体-配体模式相互作用的微观机制。
分子动力学模拟中，利用力场计算分子性能，其最重要的功能是计算各种构象(conformation)的势能，势能最低的构象为最稳定的构象。寻找势能最低点的过程为能量最小化(energy minimization)，所得到的构象称为几何优化构象(geometry optimized configuration)
GaussView
1.gif: 默认的，可以用于Gaussian的文件格式。既可以用Cartesian坐标，也可以用Z-matrix坐标。
2.pdb: 大分子的有机物可以用此格式，方便与蛋白一起进行MD模拟。
3.mol2: 原本时SYBYL用于小分子的格式。含有用于描述电荷信息的字段。
Gaussian
1.gif: 输入文件格式，含有各种命令
2.out: 主要输出文件
3.chk: 输出文件
Ambertools
antechamber：输入文件可为pdb|gout,mol2(高斯的输出格式)
输出文件为mol2(供antechamber下一步用),gzmat(供Gaussian计算输入)
parmchk: 输入文件为mol2
输出文件为frcmod
sleap:
acpype:
sander|ptraj:amber主程序和轨迹分析工具
Gromacs
1.top: 输入文件之拓扑文件，含有力场各种参数
2.gro: 输入文件之坐标文件，一种xyz格式文件；可用editconf自由修改
3.mdp: 输入文件之运行参数
4.tpr: mdp，top，gro等文件打包之后的文件；运行模拟的最终输入文件
5.trr/xtc：输出文件之轨迹文件
6.edr: 输出文件之能量文件
