Gromacs参考

2017-09-01

Gromacs常用命令参考

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gmx pdb2gmx  -f x.pdb  -p x.top    -o x.gro   -ignh
    -inter		interactive selection, instead of charged
 		-ter -asp -glu -lys -arg -his -gln -ss 是否质子化|电荷，二硫键

gmx editconf -f x.gro -o x-PBC.gro  -d -box & -center
    # -o gmx file with box
    tip: [通过editconf -f -o 可以将文件格式gro和pdb的转换]
    -bt box type
    -d minimum distance between box and mol, unit is nm
    -c center
    # 格式转换、box大小(-d; -box|angle配合)   蛋白质中心的位置(-center,默认为0 0 0)，
    # 蛋白主轴方向(-princ<否平行于x轴>|align<>|aligncenter<对准特定的向量>)
    # 平移(-translate)    旋转(-rotate)     缩放(-scale)，拆分(用index文件)，肽链加标记(-label,针对pdb)
gmx editconf -f x.gro -o pdb

1	gmx genconf -f -o -nbox a b c -dist x y z -rot

1	gmx editconf -f gro\|pdb -o gro\|pdb #也可以输入和输出pdb! 对分或者指定的部分任何几何操作!

1	gmx solvate -cp\|box -cs # (空)盒子里插入溶剂！gmx solvate -ci spc216 -box 2 2 2 -o h2o.gro

1	gmx insert-molecules -f\|-box -ci -nmol #(空)盒子里插入pdb\|gro小分子!!

1	gmx genion -s -p -pname -nname -conc -neutral #空盒子里部分溶剂分子替换为小分子!!

1 2	gmx grompp -f em-vac-pme.mdp -c fws-PBC.gro -p fws.top -o em-vac.tpr -t 续跑将上面提到的四种文件组合生成tpr文件，也就是top + gro + mdp + ndx = tpr

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gmx mdrun -v -deffnm em-vac                  -nt  4  -pin on
    -v显示模拟过程中的信息
    -deffnm指定默认的文件名称

gmx solvate -cp -cs -o -p -maxsol|shell  -rot  水分子插入后，一定伴随top中[molecules]改变
    -cp指定需要填充水分子的体系, 带模拟蛋白盒子
    -cs指定使用SPC水模型进行填充, spc216是GROMACS统一的三位点水分子结构
    -p修改体系的拓扑文件, top里加入相应水分子的物理参数 
    -o指定填充水分子后的输出文件

1	gmx grompp -f em-sol-pme.mdp -c fws-b4ion.gro -p fws.top -o ion.tpr

1	gmx genion -s ion.tpr -p fws.top -o fws-b4em.gro -pname NA -nname CL -conc 0.15 -neutral